Protel99se的电路工程设计部分主要包含电路原理设计部分(Advanced Schematic 99)和印刷电路板设计系统(AdvancedPCB 99),自动布线系统(Advanced Route 99)等。
电路原理图设计部分包括电路原理图编辑器(简称SCH编辑器)、电路图元件符号库编辑器(简称Schlib编辑器)和各种文本编辑器。印刷电路板设计系统包括印刷电路板编辑器(简称PCB编辑器)、元件封装编辑器(简称PCBLib编辑器)和电路板组件管理器。自动布线系统包含一个基于形状(Shape-based)的无栅格自动布线器,用于印刷电路板的自动布线,以实现PCB设计的自动化。