消毒杀菌随着小龙虾进入稻田、池塘等养殖环境，这是对水质的要求就更高了，要及时在晴天的时候进行菌种的投放培育工作，做好藻菌调控，使用芽孢及时分解腐烂的稻茬，预防红水、黑水。

底部弧菌爆发是5月虾瘟祸首，所以4月份要进行底部弧菌的抑制清除工作，可使用“过硫酸氢钾复合盐”类改底产品，增加虾塘底部溶氧抑制池塘弧菌生长。下旬可用“聚维酮碘”杀菌药物清除底部有害菌。进苗前可用有机酸解毒，下苗后使用聚维酮碘等杀菌药物进行消毒处理。