首先，准备好需要检测的水样。

水样应该净化为无菌状态，这可以通过在样品收集前处理样品瓶和仪器，或使用无菌采样器进行收集得到。如果水样不能立即检测，存储温度应低于 4℃ 或被冷冻避免细菌增生。其次，将 ATP 快速检测仪安放在水样采集的实地或实验室中。ATP 快速检测仪由两部分组成：检测仪和检测棒。检测仪是一个带有显示器和按钮的手持装置，控制着检测棒的进程。检测棒分为两部分：采样头和显色试剂棒。采样头用于采集水样，显色试剂棒则用于释放荧光，并反映 ATP 的含量。将采样头插入待测样品中，等待片刻后，将检测棒放置在检测仪上，按下相应的按钮，ATP 快速检测仪将自动读出检测结果。ATP 快速检测仪根据样品中 ATP 分子的含量反映水中微生物污染程度。ATP 快速检测仪的显示器可以显示出红、黄、绿三种颜色，并根据颜色的亮度和深浅，从而检测出水中细菌的数量。最后，将检测结果发回实验室，用 ATP 快速检测仪的软件进行数据分析，以得出细菌数和水质状况。并且，如果发现水样超过大肠菌和总大肠菌标准，需要立即采取措施来消除细菌污染。