两者最主要区别在于参照物不同，进行形式不同。

内参，顾名思义就是内部参考。内标就是一种标准对照，就是参照物。参照物按其性质不同可分为内参照和外参照。内参是与目的基因加于同一反应管中，与目的基因同时进行扩增；而内标是参照物与目的基因的扩增分别在不同的管间进行。